北海道大学的前身为1876年（明治9年）为开发北海道而设立的札幌农学校。首任校长为美国马萨诸塞州农科大学校长克拉克博士。克拉克博士在返回美国时候，经过札幌附近的岛松时，骑在马上，对送别的师生们大声说了一句话，“青年们，要胸怀大志”（少年よ、大志を抱け Boys，be ambitious)。”从此，这句话就成了北海道大学的校训流传至今。在克拉克博士离任后，他所宣讲的基督教精神仍留存在校园内，尽管该校为国立学校，但在学生中流行“信耶稣誓约”，从中诞生了新渡户稻造，内村鉴三等日本战前杰出的基督教徒。

    1907年该校改名为东北帝国大学农科分校，1918年成为第5个帝国大学“北海道帝国大学”。二战结束后，改制为新型大学，并开始使用“北海道大学”的校名直至今日。

    北海道大学的建校理念为进取精神，求实，国际性的修养等。1952年的东京大学校长矢内原忠雄这样评价：“明治初年，日本的大学教育中有两个中心。一个是东京大学，另一个就是札幌农学校。这两个学校打下了日本教育的国家主义和民主主义